Για τη λειτουργία του ΤΕΚΑ έχουν θεσπιστεί αυστηροί κανόνες διαφάνειας και λογοδοσίας και έχει προβλεφθεί ένα ισχυρό πλέγμα εξωτερικών και εσωτερικών ελέγχων που περιγράφονται αναλυτικά στον νόμο.
Οι υπηρεσίες και οι μηχανισμοί του Ταμείου αποτυπώνουν με ουσιαστικό τρόπο την έμφαση στην εξωστρέφεια τόσο σε εσωτερικό επίπεδο όσο και στις σχέσεις με άλλους ιδιωτικούς και δημόσιους φορείς και θεσμούς. Εφαρμόζονται αρχές καλής διακυβέρνησης και υιοθετούνται βέλτιστες πρακτικές, με στόχο την ενίσχυση του κλίματος εμπιστοσύνης και την αμοιβαία δέσμευση μεταξύ του Ταμείου και των ασφαλισμένων.
Το σύνολο των επιχειρησιακών δράσεων και λειτουργιών του Ταμείου είναι διαρκώς προσβάσιμο στους ασφαλισμένους, θεσπίζοντας έτσι ένα πρωτόγνωρο για τα ελληνικά δεδομένα σύστημα ελέγχου και λογοδοσίας.